Para algumas fontes holandesas, uma das grandes perdas para as forças luso-brasileiras foi a passagem para o lado dos invasores do jesuíta paulista Manuel de Moraes, quando da tomada da Paraíba em 30 de dezembro de 1634, pelas tropas comandadas pelo coronel Chrestofle d’Artischau Arciszewski, segundo assim descreve o autor das Memórias Diárias: “O padre Manuel de Moraes com um lenço em um pau foi render- -se ao inimigo, tão esquecido das obrigações de sua profissão, que a este juntou o maior, que foi casar-se depois em Amsterdã, sendo sacerdote e pregador apostólico, e abraçar a seita de Calvino!” Era esse jesuíta um grande conhecedor da língua dos indígenas, revelando-se posteriormente autor do Dicionário da Língua Tupi e de História da América, cujos originais receberam mais tarde elogios do filólogo Hugo de Groot. Exercia papel da maior importância entre as forças da resistência, como comandante das milícias indígenas a quem ensinara as técnicas da guerra de guerrilhas. Dele testemunhava, em 1631, Matias de Albuquerque: “pelejava com tão notável zelo e ardis como se fora sua profissão a guerra e milícia”. Por sua vez, era visto por fontes holandesas na Paraíba para onde se transferiu, como “a maior autoridade sobre todos os selvagens daquela região”. Mestiço, descrito por uns como mulato e por outros como mameluco, ele vivia há sete anos entre os indígenas e, mais recentemente, se encontrava empenhado em ministrar táticas de guerra volante. Dentre os seus aplicados alunos figurava o futuro herói da restauração e futuro dom, Antônio Filipe Camarão, que vem a ser seu sucessor no comando daqueles batalhões. Constrangido por ter perdido a função de capitão geral dos índios para o seu aluno Antônio Filipe Camarão, o padre Manuel de Moraes aproveitou a rendição da Paraíba para aderir à causa dos holandeses, renunciando sua fé católica e tornando-se um pregador luterano. Caindo nas boas graças do comandante Arciszewski, o padre ganhou notoriedade ao renunciar à teologia católica, tomando-se de paixão pelos ensinamentos da igreja reformada. Sua inesperada adesão, logo se transformou em propaganda da igreja reformada: “Padre torna-se protestante”. Foi o padre Manuel de Moraes de logo enviado aos Países Baixos a fim de melhor aprimorar seus estudos teológicos. Na Holanda, logo aprendeu a língua local e em pouco tempo veio a casar-se com a jovem Margaretha van der Heide, irmã do mestre dos pesos de Gelderland. Fixando moradia em Amsterdã, transformou-se de guerrilheiro em pregador devotado, conhecido por suas preleções nos púlpitos dos templos contra a doutrina e dogmas da igreja católica romana. Ainda nesta cidade escreve alguns textos científicos e, por causa do falecimento de sua mulher, transfere-se para Leiden onde se matricula na universidade local em 27 de julho de 1640, apresentando-se como Lusitanius Licenteatus Theologiae. Nesta cidade ele tenta a publicação do seu Dicionário da língua Tupi e de sua História da América. Sua vida afetiva, porém, toma novas cores quando do seu casamento com a jovem Anna Smits, uma das mais belas jovens de Leiden, que logo se tornou enfeitiçada pelo seu charme de mulato brasileiro. Apesar de sua aparência de homem “feio, preto, cara de chim”, segundo depoimento de Dona Anna Paes, “veio ele a se casar na Holanda com uma das moças mais formosas do país”. O segundo casamento, ao que parece, pouco durou, pois o padre apóstata se transfere para Amsterdã e lá tem um encontro secreto com o Núncio Apostólico, junto ao Reino dos Países Baixos, “onde se mostrou arrependido de sua escapada protestante e confessou seus pecados ao representante do papa que lhe deu absolvição”. Deixando na Holanda mulher e filhos, bem como amigos de prestígio como o historiador Jan de Laet, que tece elogios a sua inteligência, o padre Manuel de Moraes volta a sua terra a fim de explorar o corte de pau-brasil em área que lhe fora arrendada pela Companhia. Após algum tempo, João Fernandes Vieira, sabedor do retorno do padre apóstata o manda prender e logo que este chega à sua presença é acometido de grande arrependimento: “prostrou-se aos seus pés e com copiosas lágrimas, que lhe corriam sem cessar, lhe pediu encarecidamente que lhe desse uma palavra em seu aposento, com mostras de grande arrependimento, para que fosse um de seus soldados e assim se eximir do castigo que temia”. Abandonando a causa dos flamengos, tornou o padre aos exércitos dos insurrectos servindo com ardor, ao lado de João Fernandes Vieira, à causa da Insurreição Pernambucana, sendo o seu nome anotado por Diogo Lopes Santiago quando da batalha dos Montes das Tabocas, na qual participou exortando os soldados e rezando em voz alta suas orações, até a vitória final em três de agosto de 1645. Após o sucesso das tropas insurrectas em Tabocas e Casa Forte, foi o padre Manuel de Moraes enviado por João Fernandes Vieira à Lisboa, com a missão de narrar a D. João IV os feitos obtidos pelos exércitos da terra contra os holandeses. Durante essa temporada foi ele preso pela Inquisição de Lisboa e ali respondeu a processo, cujo teor vem a ser publicado na Revista do Instituto Histórico Brasileiro (v. LXX, Rio de Janeiro 1908). Da leitura de suas páginas se depreende que o religioso apresentou a seu favor “um perdão do Papa para sua apostasia ao catolicismo”, assegurando em seu depoimento “ter sido ele o único jesuíta preso a quem as autoridades nos Países Baixos haviam proibido de regressar ao Brasil, por temerem que levantasse o gentio contra o governo do Recife”.
